На національному рівні ключовим національним партнером DESPRO є Міністерство регіонального розвитку та будівництва  України (Мінрегіонбуд). Проект працює в тісній співраці з іншими сторонами, задіяними в просуванні децентралізованого підходу до публічної влади - Секретаріатом Кабінету Міністрів України, Міністерством житлово-комунального господарства України, Національною Академією державного управління, українськими асоціаціями, комітетами парламенту, Академією муніципального управління, тощо.

В двох цільових регіонах проекту - Автономній Республіці Крим та Вінницькій області були обрані партнери проекту. В кожному з регіонів було визначено по три райони, сільські громади яких на конкурсній основі співпрацюють з DESPRO, впроваджуючи місцеві проекти, направленні на надання децентралізованих послуг. В АР Крим це Ленінський, Бахчисарайський та Нижньогірський райони, у Вінницькій області Тульчинський, Калинівський та Іллінецький райони. Керівництво проекту DESPRO підписало спеціальні Меморандуми про співрацю як з керівниками регіонального рівня, так і з районними адміністраціями. Ці документи визначають засади співпраці та співфінансування проектів, що виконуються  на базі сільських громад.